Le moulin de la Mousquère est un moulin de montagne et en cela différent des moulins de plaine. Il est situé au bord d'un torrent, la Mousquère, isolé de toute agglomération, à égale distance entre les villages de Sailhan et d'Estensan auxquels il appartient. Comme tous les moulins de montagne il n'était pas habité par le meunier et sa famille. La pente du cours d'eau étant importante, il bénéficie d'une chute vive sur une courte distance.  C'est un bâtiment de petite dimension, de forme carrée, 7 mètres de côté, avec des murs épais de 70 centimètres. Les moulins familiaux construits à partir du XIX^ème siècle sont encore plus petits, 4 mètres de côté environ. Dans la vallée d'Aure, le toit à deux pentes est couvert d'ardoises. Dans d'autres vallées, notamment celle de Campan, le chaume était traditionnellement utilisé. Comme la plupart des moulins à eau de montagne de la région Midi-Pyrénées, le rouet est horizontal. Le moulin de la Mousquère possède une paire de meules de 1,40 mètre de diamètre (il y en avait deux lorsqu'il était en activité). Un blutoir mécanique était actionné par un troisième rouet, plus petit de la taille d'une roue de brouette.

On accède au moulin par une petite porte en bois de 80 centimètres de large. Dans l'ancienne porte d'entrée une chatière laissait passer le chat en quête de souris. A gauche de la porte, un anneau métallique servait à attacher les animaux de bât. Souvent, à côté était scellée une pierre plate qui servait de support au sac de céréales que le paysan déchargeait de son âne ou de son cheval pour ensuite le placer sans effort sur ses épaules.

Au-dessus de la porte, sur le linteau de pierre, des inscriptions et la trace d'un blason ont été détériorées et malheureusement sont aujourd'hui indéchiffrables. Les pratiques religieuses de la population rurale sont encore visibles sur le montant droit de la porte d'entrée comme l'indiquent les croix qui y sont gravées. Vers 10 heures du matin, lorsque le soleil est rasant, on peut en compter une vingtaine.

Les moulins de montagne, particulièrement dans les Hautes-Pyrénées, pouvaient être disposés en "cascade" et créer ainsi un quartier comme les quatre moulins d'Azet ou ceux d'Arcizans Dessus et de Sazos dans le Lavedan où plus de 20 moulins avaient été installés à la suite les uns des autres, au bord du même torrent.